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Nach dem Ziel in Schwarzsee am Vortag musste das Peloton zurück an den Startort der 2. Etappe reisen, denn auch die 3. Etappe beginnt in Aarau. Diesmal geht es von dort aber nicht nach Südwesten, sondern nach Osten – vorbei an Winterthur und Frauenfeld sowie St. Gallen geht es an die österreichische Grenze südlich des Bodensees, nach Heiden. Die Etappe ist ähnlich veranlagt, wie die am Vortag: Zunächst geht es relativ flach bis leicht hügelig dahin, bevor das letzte Renndrittel dann zur Achterbahnfahrt wird. Die Anstiege heute sind dann allerdings weniger lang als am Vortag und noch mehr auf Puncheure ausgelegt. Das Finale läutet rund 20 Kilometer vor Ziel eine Kategorie-2-Steigung nach Knolhusen im Appenzellerland ein, auf die direkt ein steiler Kategorie-3-Stich in Büriswilen folgt, bevor es auf den letzten zehn Kilometern wellig über Walzenhausen nach Wolfhalden und schließlich auf den letzten drei Kilometern bergauf nach Heiden geht.